生活廢水基本控制項目：COD、BOD₅、懸浮物、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑、總氮（以N計）、氨氮（以N計）、總磷（以P計）、色度、pH、糞大腸菌群數、總汞、烷基汞、總鎘、總鉻、六價鉻、總砷、 總鉛
選擇性控制項目：總鎳、總鈹、總銀、總銅、總鋅、總錳、總硒、苯并（a）芘、揮發酚、總氰化物、硫化物、甲醛、苯胺類、總硝基化合物、有機磷農藥（以P計）、馬拉硫磷、樂果、對硫磷、甲基對硫磷、五氯酚、三氯甲烷、四氯化碳、三氯乙烯、四氯乙烯 、苯、甲苯、鄰-二甲苯、對-二甲苯、間-二甲苯、乙苯、氯苯、1,4-二氯苯、1,2-二氯苯、對硝基氯苯、苯酚、間-甲酚、2,4-二氯酚、2,4,6-三氯酚、鄰苯二甲酸二丁酯、鄰苯二甲酸二辛酯、丙烯腈、可吸附有機鹵化物（AOX以Cl計）

工業廢水第一類污染物：總汞、烷基汞、總鎘、總鉻、六價鉻、總砷、總鉛、總鎳、苯并（a）芘、總鈹、總銀、總α放射性、總β放射性
第二類污染物：pH、色度、懸浮物、BOD₅、COD、石油類、動植物油、揮發酚、總氰化物、硫化物、氨氮、氟化物、磷酸鹽（以P計）、甲醛、苯胺類、硝基苯類、陰離子表面活性劑、總銅、總鋅、總錳、元素磷、有機磷（以P計）、農藥、糞大腸菌群等

地表水必測項目：水溫、pH、溶解氧、高錳酸鹽指數、化學需氧量、BOD、氨氮、總氮、總磷、銅、鋅、氟化物、揮發酚、石油類、陰離子表面活性劑、硫化物和糞大腸菌群、硒、砷、汞、鎘、汞、鉻（六價）、鉛、氰化物等
選測項目：總有機碳、甲基汞、硝酸鹽、亞硝酸鹽等

底泥1、底質監測必測項目：砷、汞、烷基汞、鉻、六價鉻、鉛、鎘、銅、鋅、硫化物和有機質選測項目：有機氯農藥、有機磷農藥、除草劑、PCBs、烷基汞、苯系物、多環芳烴和鄰苯二甲酸酯類
2、污泥監測項目：污水處理設施的污泥或納入污水河渠和水域的污泥監測項

醫療廢水糞大腸菌群數、腸道致病菌、腸道病毒、結核桿菌、pH、COD、BOD、懸浮物、氨氮、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑、色度、揮發酚、總氰化物、總汞、總鎘、總鉻、六價鉻、總砷、總鉛、總銀、總α、總β、總余氯

地下水常規指標（39項）：感官改善及一般化學指標（20項）、微生物指標（2項）、毒理學指標（15項）、放射性指標（2項）
非常規指標（54項）
毒理學指標（54項）

工業循環水pH、懸浮物、總鐵、化學需氧量、濁度、總硬度、總堿度、氨態氮、硫化物、油含量、總磷、溶解性固體、五日生化需氧量、細菌總數、鉀、鈉、軍團菌等